时间如白驹过隙，不知不觉间两年就这样过去了。这两年很和平，木叶平平稳稳，期间也发生了不少事情。
小卡卡西5岁上学，然后5岁就火箭一般连跳几级毕业了，成为了一名下忍。
这个消息彻底刺激到了卡卡西的同班同学——还在上学的小带土和小阿凯，两人开始更加拼命的训练，他们早就把卡卡西当成了竞争对手。
卡卡西毕业之后，野原琳则有些失落，以后上学就见不到他了。
可惜他们不知道的是，一年后6岁的卡卡西就申请中忍考核，而且通过了考核，正式成为了一名中忍，这也是继日向日月之后最年轻的中忍。这件事在木叶中、上忍之中还是引起了不小的轰动，木叶村又一个天才少年诞生了！
卡卡西的父亲旗木佐云却很担忧，他怕儿子从此骄傲自满，于是跑去向火影大人请求：等卡卡西分了班，接受上忍的指导之后，让他再参加一次中忍考试。三代询问了小卡卡西的意见后，同意了白牙的请求。
就这样，6岁的卡卡西被三代火影暂时安排给了波风水门，水门成为了卡卡西的上忍指导老师。三代让卡卡西跟着水门做做任务，水门作为一名上忍，带着卡卡西四处跑，卡卡西在任务中进步很快。
结了婚的纲手很幸福，而立之年的她成熟了一些，更加美艳动人。
这两年她在木叶医院里为木叶培养了一批医疗忍者，木叶的医疗忍者比原来可多了不少。
纲手已经学会了【阴封印】，并将阴封印传授给了爱人加藤断。加藤断的【灵化之术】需要消耗大量查克拉，能储蓄查克拉的阴封印正好解决了加藤断的短板。
经过两年时间的每天定量积累查克拉，纲手的额头上已经出现了那个菱形的标志——【百豪之印】。
纲手的弟弟千手绳树在大蛇丸的特训下，进步也很快。绳树的土遁和水遁运用越来越熟练了。
自来也学会了【螺旋丸】，并和水门、日月一起，总结出了螺旋丸的系统修炼方法。即：三个阶段的水球练习、皮球练习、气球练习。这大大降低了螺旋丸的修炼难度，让更多忍者可以学习螺旋丸。
三人也各自尝试着如何改进螺旋丸，增强螺旋丸的威力。水门想加入性质变化风遁，自来也想大大增加查克拉的量，使螺旋丸的体积膨胀，日月则想把螺旋丸的原理应用到日向家的绝招上。
接着自来也去了一次妙木山，知晓了蛤蟆大仙人预言有变动的事情。预言之子的范围从他的徒弟，扩大到了三忍的弟子，而且是传说中的‘卯之女神’的后代，这个变化让他感到很惊讶。
一年后，他再次外出云游，他要寻找这个世界的真谛和让这个世界和平的方法。顺便到处‘取材’写写小黄书，毕竟日月给他的书投资了不少钱，出书也被他排上了日程。
大蛇丸依然很喜欢研究各种东西。他开始整天泡在研究所里，时不时还要来日月和纲手的医学研究室来看看。日月这里的好东西多，比如有关断肢再生、器官移植、保持肉体活性的研究成果，一直让大蛇丸垂涎三尺。他没事就找纲手要东西，日月也同意送给大蛇丸一些研究成果，心里希望大蛇丸研究归研究，不要为了追求长生不老，痴狂到舍弃一切。